La storia dei protestanti di Lione riesce quella di una comunità cittadina, isolata in mezzo ad un contado interamente cattolico, e spriva di strutture nobiliari. Per altro, essa presenta la singolarità d'impostarsi nella seconda città del regno di Francia, sul piano demografico, che fu, a lungo, la prima nel campo economico e bancario Quindi, la città di Lione costitui uno degli elementi maggiori nelle guerre di religione, e, conquistata dai Riformati nel 1562, è diventata per pochi mesi la capitale del protestantismo francese. La sua importanza economica e bancaria nel tempo della Revoca dell' Editto di Nantes, nel 1685, le ha evitato, come per Parigi, ""les dragonnades", e le ha dato la possibiltà di realizzare la conversione dei suoi protestanti "per riunione" e di operare con moderazione (secondo gli avvertmenti dati dall'Intendente dell'epoca). Poi, i numerosi stranieri che vi stavano, fra i quali molti erano di confessione riformata o luterana, "furono lasciati in pace" e liberi di praticare il loro culto, insieme ai familiari, a patto che lo facessero a casa loro, solo per il proprio uso e con riservatezza, riguardo al vicinato.
La comunità protestante di Lione si è rinnovata quasi complemente, almeno a due ripreses, una prima volta nell'occasione delle persecuzioni dopo la "Saint Barthélémy" (1572), una seconda volta dopo la Revoca dell'Editto di Nantes (1685). Percio, tranne rarissime eccezioni, non c'è nessun protestante lionese di oggi che possa essere un discente di coloro che vivevano nel Cinquecento e nel Seicento.
Finalmente, si puo osservare che molte famiglie, e non di quelle minori, sono vissuto a Lione, soltanto per una generazione (talvolta la metà) prima di stabilirsi a Parigi. Uno dei casi più esemplari sta nella famiglia Say (quella del famoso economista), anzitutto nota quale la famiglia dell'industria dello zucchero, alleata ao Béghin.
La storia dei protestanti a Lione è stata studiata in un volume, la cui lettura è vivamente craccomandata. Questo libro viene descritto nella pagina d'accoglienza di Lione.